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人林とススキの草原の広がる南及び西斜面は富士山で最も豊かな動物相が見られる。
スギ，ヒノキ，カラマツ，ウラジロモミなどの人工林：ホンドリス(ニホンリス)、アカネズミが生息
ススキ草原：ハタネズミ、カヤネズミ
標高の高い自然林：ヒメネズミ、ヤマネ
1600～2500ｍ：テン，ニホンカモシカ
火山荒原：シントウトガリネズミ（食虫性）

北斜面では青木ヶ原樹海を中心に、リス，テン，ヤマネ，ヒメネズミなどの小獣が生息する。
モグラ科のヒメヒミズとヒミズの棲み分け
ヒメヒミズは日本では最も原始的なモグラ類で、体長77mm,尾長39mm,体重8g前後である。
ヒミズはヒメヒミズよりも進化したモグラで、体長100mm,尾長31mm,体重16g程である。
原始的なヒメヒミズは高所に、進化したヒミズは低所に分布するものだが、富士山ではその逆になっている。
これはヒズミが土壌が発達した地中生活を得意とするのに対して、尾が長く手のシャベル器官の発達が悪いヒメヒミズは、熔岩流上の分解していない落葉樹枝層を中心に地表生活を得意としているからである。
ヒメヒミズは好んで岩地に棲んでいるのではなく、体が小さく力が弱いためヒミズとの競合の結果暮らしやすい土壌地帯へは出て行けずやむなく岩場に生息しているのである